Inaugurado ao público a 25 de Maio de 1995, com projecto de arquitectura e museografia da autoria de Mário Varela Gomes. O Museu apresenta uma exposição de longa duração que conta a história do território de Loulé desde a pré-história até ao período moderno, tendo para isso seleccionado os objectos mais significativos, recolhidos em diversas áreas do concelho em resultado de projectos de investigação, de prospecções e de achados ocasionais.
Por possuir um grande coleção de materiais arqueológicos, quando inaugurado, o Museu foi denominado Museu Municipal de Arqueologia de Loulé, no entanto, esta denominação foi mais tarde reestruturada, assumindo-se como Museu de território, que se organiza através de vários polos museológicos que funcionam em rede.